强制医疗程序的内容见于新刑诉法第五编的特别程序。根据刑诉法第二百八十四条的规定，强制医疗程序适用的对象是依法不负刑事责任的精神病人，对于实施暴力行为，危害公共安全或者严重危害公民人身安全，经法定程序鉴定依法不负刑事责任的精神病人，有继续危害社会可能的可以予以强制医疗。对精神病人强制医疗的，由人民法院决定，公安、检察及其他任何部门都无权作出决定，这是强制医疗程序的刚性规定。具体情之至医疗的程序是：公安机关发现精神病人符合强制医疗条件的，应当写出强制医疗意见书，移送人民检察院。对于公安机关移送的或者在审查起诉过程中发现的精神病人符合强制医疗条件的，人民检察院应当向人民法院提出强制医疗的申请。需要注意的是，人民法院在审理案件过程中发现被告人符合强制医疗条件的，可以作出强制医疗的决定。也就说，无需经过申请等程序，法院可以自行单方决定是否采取强制医疗。
对实施暴力行为的精神病人，在人民法院决定强制医疗前，公安机关可以采取临时的保护性约束措施。
根据刑诉法第二百八十六条的规定，人民法院受理强制医疗的申请后，应当组成合议庭进行审理。法院应当通知被申请人或者被告人的法定代理人到场。被申请人或者被告人没有委托诉讼代理人的，人民法院应当通知法律援助机构指派律师为其提供法律帮助。法院经审理，对于被申请人或者被告人符合强制医疗条件的，应当在一个月以内作出强制医疗的决定。
被决定强制医疗的人、被害人及其法定代理人、近亲属对强制医疗决定不服的，可以向上一级人民法院申请复议。强制医疗机构应当定期对被强制医疗的人进行诊断评估。对于已不具有人身危险性，不需要继续强制医疗的，应当及时提出解除意见，报决定强制医疗的人民法院批准。
被强制医疗的人及其近亲属有权申请解除强制医疗。
最后需要注意的是《刑诉法》中所谓的精神病人与《精神卫生法》的精神障碍患者、严重精神障碍患者不可等量齐观，最鲜明的不同是，前者因为犯罪行为已被启动刑事追诉程序，而后者是民事活动范畴内的当事人。